Cuando utilizamos el servidor tomcat que viene junto a Netbeans, en ocasiones necesitamos agregar variables de entorno para nuestras aplicaciones java, y aunque existen diversas maneras, a continuación muestro una de ellas:

Archivo setenv.sh

Se debe crear, en el caso de no existir el siguiente archivo:

~/.netbeans/8.1/apache-tomcat-8.0.27.0_base/bin/setenv.sh

Donde ~ es la ruta del directorio home del usuario en linux

La ruta puede variar ligeramente si las versiones descargadas e instaladas son distintas.
Contenido:
En el archivo setenv.sh se puede colocar las variables necesarias.

#!/bin/sh
export NOMBRE_VARIABLE="valor

Este archivo será utilizado por el tomcat de nuestro de netbeans al iniciarlo y con ello tendremos acceso a dichas variables en nuestra aplicación java